Não é novidade que os estudantes de direito não foram os primeiros franciscanos a ocuparem as Arcadas do centro de São Paulo. Antes deles, os frades da Ordem de São Francisco já tinham nas Arcadas a sua casa. A concessão desse prédio foi importantíssima para o início dos cursos jurídicos no Brasil e para a memória de São Paulo. Porém, essa passagem dos religiosos para os acadêmicos não foi algo simples, visto que envolveu questões e até mesmo processos judiciais de franciscanos contra franciscanos ao longo da história do Largo São Francisco.
Primeiramente, um pouco da história desses primeiros franciscanos. Eles chegaram no Brasil em 1640 em uma pequena caravana e incialmente se instalaram em uma casa na atual Praça do Patriarca. Dois anos depois, receberam do governo um terreno, no atual Largo São Francisco, que na época ainda não tinha esse nome. Foi iniciada a construção do convento, que foi finalmente inaugurado em 1647. Esse prédio, que hoje já começa a se aproximar dos 400 anos de existência, funcionou por mais de um século e meio até que se começasse a falar na implantação de faculdades no Brasil.
Exatos 180 anos após sua inauguração, o convento franciscano viria a sofrer uma grande mudança. Com a famosa lei de 11 de Agosto de 1827, criando os cursos jurídicos no Brasil, mostrou-se necessário encontrar uma casa para a faculdade que seria instaurada em São Paulo. Após algumas considerações, o prédio mais adequado foi escolhido e era justamente o convento de São Francisco.
Os religiosos cederam de bom grado parte do prédio para a instalação da faculdade. Porém, alguns problemas já começaram antes mesmo de sua inauguração. Após a escolha pelo convento, foram iniciadas as preparações para a divisão do prédio entre os religiosos e os estudantes. Houve algumas discussões sobre quais áreas seriam ocupadas por cada grupo, como seria feita a entrada e a saída dos alunos, quais espaços seriam de circulação geral, entre outras questões. Mesmo com estes pequenos conflitos, a faculdade conseguiu ser inaugurada em 1º de março de 1828.
Contudo, essas dificuldades persistiram após o início das aulas, uma vez que a faculdade, em seus primórdios, e o convento funcionavam conjuntamente. O convívio inicial que se estabeleceu entre os acadêmicos e os freis não chegou a causar grandes alvoroços, porém não estava livre de problemas. Mas, com o passar dos primeiros meses letivos, as antigas questões somaram-se a outras que foram surgindo nesse tempo, o que contribuiu para o desgaste da relação. Por isso, as discussões aumentaram e algumas delas acabaram até chegando à Justiça.
Foi apenas no final do primeiro ano letivo, os dois grupos de franciscanos foram totalmente separados. Assim, os ingressantes da segunda turma de Direito já iniciaram suas aulas no prédio sem o antigo convívio com os religiosos. Os acadêmicos acabaram por ocupar a totalidade do prédio, incluindo dependências como a sacristia e a biblioteca. Depois de alguns anos, os frades franciscanos transferidos para outros conventos, deixando o prédio exclusivamente para a faculdade.
Durante esse período, a Igreja de São Francisco, que existe até hoje ao lado da faculdade, permaneceu com a Ordem Franciscana até o início do século XX, quando os frades retornaram. Houve uma tentativa dos religiosos de reassumir o prédio, através de uma ação contra o Estado. A tentativa, porém, terminou sem sucesso, uma vez que a Academia ganhou a causa e permaneceu com o prédio que até hoje abriga a SanFran. Sua construção original sofreu algumas mudanças durante a sua história, até chegar ao que conhecemos hoje, mas alguns elementos seguem conservados.
Após a perda da ação, os frades utilizaram os fundos da Igreja para a construção de um novo convento. Construído em 1941, ele passou a ser a nova casa desses franciscanos e abrigou religiosos importantes, chegando até mesmo a se tornar a sede da Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, até o ano de 2004. A Igreja e Santuário de São Francisco funcionam até hoje, incluindo o novo convento. Alguns fiéis ainda acabam confundindo os dois prédios XX
Depois de quase 200 anos da separação, não é incomum encontrar pessoas confundindo os dois prédios. Já a relação entre os franciscanos religiosos e acadêmicos se desenrola sem muitos problemas atualmente. É certo que algumas reclamações e notificações ocorreram mais recentemente, já no século XXI. Seja por alguma festa feita pelos alunos, ou pelo excesso de barulho que chega ao novo convento, as raízes dessa disputa franciscana ainda podem ser vistas, com frequência e intensidade muito menores do que no início da convivência entre o convento e a faculdade. E assim seguem os dois grupos de franciscanos, dividindo, até hoje, o Largo São Francisco.